De oorlog was een lastige opgave voor de PSD en de bemanningen werden regelmatig op de proef gesteld. Zo werden de schepen met regelmaat getroffen door beschietingen en bommen. Tegen het einde van de oorlog waren er bijna geen schepen meer beschikbaar en werd de dienst uitgevoerd met kleinere, gehuurde vaartuigen.

In 1947 kwam de veerboot Koningin Wilhelmina weer in de vaart. Het schip had als enige moderne koplader de oorlog relatief goed doorstaan. De Duitse bezetter vertrok echter in 1944 met de veerboot naar Hamburg, waar de veerboot later teruggevonden werd. In 1946 werden bij De Schelde reparaties uitgevoerd, zodat de Koningin Wilhelmina in het voorjaar van 1947 weer in dienst kon worden gesteld.

Op onderstaande ansichtkaart is te zien dat de Wilhelmina met vlag in de mast de veerhaven van Perkpolder komt binnenvaren. Een feestelijke gebeurtenis, na jaren van bouwen kon nu eindelijk echt gebruik gemaakt worden van de nieuwe veerhaven en de moderne veerdienst op Kruiningen.